La llegada de los primeros hermanos de San Juan de Dios tuvo lugar en el año de 1618.  No se sabe si vinieron,  en esta  primera presencia,  acompañados del fundador de la orden como  la tradición popular afirma.  Estos hermanos se hicieron cargo en 1625 del Hospital de la Caridad,  que había sido fundado en 1563.  En el verano de 1808, el   General Dupont  lo habilitó como "hospital de sangre"  mientras  permaneció en Andújar. Con la desamortización,  el edificio pasó a ser propiedad del Ayuntamiento (decreto de 15 de abril de 1836) que se integró en la Junta de Beneficencia auque sin función alguna en los primeros años. En 1838 se cedió parte del edificio a don Gerónimo de la Cal Palomares para que estableciera en él un Colegio de Gramática Castellana, Latina y Francesa, donde se cursaba además del estudio de las citadas lenguas, los de Filosofía, Botánica, Religión y Urbanidad. También serían  utilizadas algunas de sus dependencias como archivo municipal y fue sede de uno de los colegios electorales de la ciudad
La iglesia se encuentra en la línea de las iglesias conventuales de la localidad y del barroco español.  Planta rectangular,  algo rota por la oblicuidad de la fachada,  de una sola nave cubierta con bóveda de cañón,  articulada con arcos fajones que descansan sobre pilastras dobladas.   El tramo de la cabecera,  de  menor anchura y más elevado que los demás.  Detrás del él,  la sacristía que se halla bajo el  camarín del retablo.  El tramo inmediato  cubierto con bóveda de media naranja sobre pechinas y con altares en ambos muros.  En el último tramo,  de forma irregular, el coro en alto.
El Retablo mayor es de estilo barroco.  En su cuerpo central el camarín,  de planta rectangular,  cubierto con bóveda elíptica decorada con rica yesería policromada.  En él,  la imagen de la Virgen de las  Angustias,  probablemente de comienzos del siglo XVII.   La composición  es serena y equilibrada.  El cuerpo inerte de Cristo,  de anatomía muy bien conseguida.  María  contiene su hondo dolor  con sincera pena.  En la calle derecha del retablo la talla policromada  de San Juan de Dios.  En la calle izquierda,  el arcángel San Miguel.
La portada del templo, de gran simplicidad,  característica  ésta que se repite en los demás ejemplos conventuales de la ciudad.  La puerta,  con arco de medio punto,  está decorada con los escudos de la orden y hornacina.  La horizontalidad de la fachada se ve interrumpida con la espadaña de dos cuerpos de bella proporción.